Uma força sinistra provocou uma guerra entre os dois grupos de Yo-Kai, os Bony Spirits e os Fleshy Souls, fazendo com que o caos se estenda pelo mundo. Agora Nathan e os seus amigos têm de viajar no tempo para averiguar quem estás por detrás deste malvado plano. O terceiro caminho para resolver os mistérios do primeiro Yo-Kai Watch com conteúdos exclusivos.

Características:
- O terceiro caminho para resolver o mistério do primeiro Yo-Kai Watch: o título contém o conteúdo das outras edições.

- Doze novas missões: descobre a origem do misterioso Darknyan.

- Torna-te amigo de Yo-Kai exclusivos e de quinze Yo-Kai maléficos.

- Explora novos lugares e enfrenta novos Boss.

- Conteúdo exclusivo para os detentores das edições Bony Spirits e Fleshy Souls: novas masmorras para lutar contra Bosses especiais e tornar-se amigo de Yo-Kai exclusivos.

- Uma versão ampliada do modo local cooperativo Yo-Kai Watch Blasters com novos e poderosos Bosses a enfrentar.